ตามพระราชบัญญัติสถาบันราชภัฏ พ.ศ. 2538 มีผลบังคับใช้ สถาบันราชภัฏทุกแห่งสามารถเปิดสอนในระดับที่สูงกว่าปริญญาตรีได้ หากมีการพัฒนาหลักสูตรและมีความพร้อมด้านศักยภาพ สถาบันราชภัฏพระนครจึงได้เตรียมการเปิดสอนระดับบัณฑิตศึกษา และเปิดสอนระดับบัณฑิตศึกษาตั้งแต่ ปีการศึกษา 2541 เป็นต้นมา ต่อมาเมื่อวันที่ 5 มีนาคม พ.ศ. 2545 คณะรัฐมนตรีได้ให้ความเห็นชอบพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยราชภัฏทั้ง 41 แห่ง และในวันที่ 15 มิถุนายน พ.ศ. 2547   สถาบันราชภัฏพระนครได้สถาปนาเป็น มหาวิทยาลัยราชภัฏพระนคร 

            มหาวิทยาลัยราชภัฏพระนคร เป็นมหาวิทยาลัยราชภัฏแห่งแรกที่มีประสบการณ์การเปิดสอน ระดับบัณฑิตศึกษาอย่างเป็นทางการ โดยมีประสบการณ์เกี่ยวกับการจัดการศึกษาระดับบัณฑิตศึกษามาตั้งแต่ พ.ศ. 2532–2538 เมื่อครั้งร่วมมือทางวิชาการกับมหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒเปิดสอนหลักสูตรการศึกษามหาบัณฑิต สาขาวิชาอุตสาหกรรมศึกษา ต่อมาเมื่อพระราชบัญญัติสถาบันราชภัฎ พ.ศ. 2538 มีผลบังคับใช้ ทำให้ราชภัฏทุกแห่งสามารถเปิดสอนสูงกว่าระดับปริญญาตรีได้  มหาวิทยาลัยราชภัฎพระนคร (ชื่อสถาบันราชภัฏพระนครในขณะนั้น) จึงได้แต่งตั้งคณะกรรมการขึ้นมาชุดหนึ่ง เมื่อปี พ.ศ. 2538 เรียกว่า “คณะกรรมการเตรียมการเปิดสอนระดับบัณฑิตศึกษา” เพื่อทำหน้าที่เตรียมการ ประสานงาน เพื่อการพัฒนาหลักสูตร ร่างข้อบังคับระเบียบการรับจ่ายเงินต่างๆ ตลอดจนเตรียมการรับ สอบคัดเลือกนักศึกษา เป็นต้น ภายใต้การบริหารงานของสำนักงานโครงการบัณฑิตศึกษา ซึ่งรับผิดชอบการบริหารจัดการศึกษาระดับประกาศนียบัตรและระดับปริญญามหาบัณฑิต

            สำหรับการจัดการศึกษาระดับปริญญาเอกนั้น มีจุดเริ่มของโครงการภายใต้ความร่วมมือระหว่างสถาบันราชภัฏพระนครและสถาบันราชภัฏราชนครินทร์  เพื่อจัดทำหลักสูตรปริญญาเอกร่วมกันในปี พ.ศ. 2543  โดยสภาวิชาการได้ให้ความเห็นชอบหลักสูตรปรัชญาดุษฎีบัณฑิต สาขาวิชาการจัดการเทคโนโลยี และสาขาวิชาการศึกษาเพื่อการพัฒนาท้องถิ่น ตั้งแต่วันที่ 15 มีนาคม พ.ศ. 2543 โดยจัดทำเป็นหลักสูตรของสถาบันราชภัฏ ต่อมามติสภาวิชาการเมื่อวันที่  17 มกราคม พ.ศ.  2544  กำหนดให้สถาบันราชภัฏพระนครและสถาบันราชภัฏราชนครินทร์ดำเนินการจัดระบบองค์กรและดำเนินการโครงการเปิดสอน และต่อมาในวันที่ 29 สิงหาคม พ.ศ. 2545 ได้นำเสนอหลักสูตรปรัชญาดุษฎีบัณฑิต สาขาวิชาการจัดการเทคโนโลยี  และสาขาวิชาการศึกษาเพื่อการพัฒนาท้องถิ่น ต่อคณะกรรมการสภาสถาบันราชภัฏ (คสส.) ซึ่งมีมติอนุมัติหลักสูตรและอนุมัติการเปิดสอนที่สถาบันราชภัฏพระนครและสถาบันราชภัฏราชนครินทร์ โดยสนับสนุนให้มีความร่วมมือกันในลักษณะโครงการผนึกกำลัง (Consortium) ในการจัดการเรียนการสอน ดังนั้นมหาวิทยาลัยราชภัฏพระนครจึงได้จัดทำโครงการผนึกกำลังการเปิดสอนปริญญาเอกขึ้น ต่อมาสถาบันราชภัฏพระนคร และสถาบันราชภัฏเพชรบุรีได้มีความร่วมมือทางวิชาการและขออนุมัติหลักสูตรปรัชญาดุษฎีบัณฑิต สาขาวิชายุทธศาสตร์การพัฒนาเพิ่มอีกสาขาหนึ่ง และได้รับการพิจารณาเห็นชอบจากคณะกรรมการสภาวิชาการของสถาบันราชภัฏในการประชุมครั้งที่ 10/2546 เมื่อวันที่ 4 ธันวาคม พ.ศ. 2546
            ดังกล่าวข้างต้นคณะกรรมการสภาสถาบันราชภัฏ (คสส.) (สำนักงานสภาสถาบันราชภัฏเดิม) ให้ความเห็นชอบในหลักสูตรในการประชุมครั้งที่ 2/2547 เมื่อวันที่ 28 พฤษภาคม พ.ศ. 2547 หลังจากการปรับเปลี่ยนโครงสร้างของกระทรวงศึกษาธิการและมีพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยราชภัฏ การดำเนินการเปิดสอนหลักสูตรปรัชญาดุษฎีบัณฑิต สาขาวิชาการจัดการเทคโนโลยี สาขาวิชาการศึกษาเพื่อการพัฒนาท้องถิ่น และสาขาวิชายุทธศาสตร์การพัฒนา จึงอยู่ภายใต้ข้อตกลงความร่วมมือในโครงการผนึกกำลังการเปิดสอนหลักสูตรปริญญาเอก
            ในการดำเนินการจัดการเรียนการสอนระดับบัณฑิตวิทยาลัยในปัจจุบัน สภามหาวิทยาลัยราชภัฏพระนคร ได้มีมติให้จัดตั้งบัณฑิตวิทยาลัย เป็นส่วนงานภายในมีฐานะเทียบเท่าคณะของมหาวิทยาลัย ในการประชุมครั้งที่  4/2557 เมื่อวันที่ 13 ถึงวันที่ 14 มิถุนายน พ.ศ. 2557 โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อกำกับมาตรฐานและประสานการจัดการศึกษาระดับบัณฑิตศึกษา และในกรณีจำเป็นและสมควรอาจจัดการศึกษาเองด้วยได้ และภายใต้การกำกับดูแลของบัณฑิตวิทยาลัย มีหลักสูตรและสาขาวิชาที่เปิดสอนแบ่งออกเป็นระดับประกาศนียบัตรวิชาชีพ จำนวน 1 หลักสูตร ระดับปริญญาโทถึง 4 หลักสูตร 8 สาขาวิชา และระดับปริญญาเอก 2 หลักสูตร 3 สาขาวิชา ดังนี้

            1. หลักสูตรประกาศนียบัตรบัณฑิต (Graduate Diploma, Grad. Dip.)
                1.1 ประกาศนียบัตรบัณฑิตวิชาชีพครู
            2. หลักสูตรครุศาสตรมหาบัณฑิต (Master of Education, M.Ed.)
                2.1 สาขาวิชาหลักสูตรและการสอน
                2.2 สาขาวิชาการบริหารการศึกษา
                2.3 สาขาวิชาการศึกษาปฐมวัย
                2.4 สาขาวิชาคณิตศาสตรศึกษา        
            3. หลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต (Master of Science, M.Sc.)
                3.1 สาขาวิชาสิ่งแวดล้อมศึกษา
                3.2 สาขาวิชาการจัดการโลจิสติกส์
            4. หลักสูตรบริหารธุรกิจมหาบัณฑิต (Master of Business Administration, M.B.A.) สาขาวิชาบริหารธุรกิจ
            5. หลักสูตรรัฐประศาสนศาสตรมหาบัณฑิต (Master of Public Administration, M.P.A)   สาขาวิชารัฐประศาสนศาสตร์
            6. หลักสูตรปรัชญาดุษฎีบัณฑิต (Doctor of Philosophy, Ph.D.)
                6.1 สาขาวิชาการจัดการเทคโนโลยี 
                6.2 สาขาวิชายุทธศาสตร์การพัฒนา             
            7. หลักสูตรบริหารธุรกิจดุษฎีบัณฑิต (Doctor of Business Administration, D.B.A.) สาขาวิชาการจัดการธุรกิจ